Muzeum má bohatou historii, již v roce 1900 ustavili vlastivědní pracovníci Českolipský muzejní spolek pro správu sbírek. Po roce 1945 převzalo muzeum také sbírky z některých okolních měst. V letech 1969-76 byly tyto sbírky zpřístupněny v rekonstruovaném augustiniánském klášteře.

Stálé expozice
Hlavní budova:

• Regionální expozice "Příroda Českolipska"
• Regionální expozice "Historie Českolipska do roku 1945"
• Archeologické expozice
• Zvířata celého světa
• Svět hmyzu a pavoukovců
• Geologie a mineralogie
• Kovářská expozice 
• Svět moří a oceánů
• "Na chalupě u Vladimíra Menšíka"
• Knihařská dílna
• Těžba uranu na Českolipsku

Přístupné části památkového objektu:
Bývalá domácí kaple-historický nábytek, obrazy
Loretánská kaple z roku 1698
Svaté schody z roku 1725
Kaple Nejsvětější trojice z roku 1767 (Biberova koncertní síň).

Pobočky muzea:

• Vísecká rychta v Kravařích
• Památník K. H. Máchy v Doksech
• Archeologické muzeum Šatlava Česká Lípa

Výklad v cizím jazyce pouze po předchozí domluvě.